近年来，我市按照“立足山水林田湖草生命共同体，统筹自然生态各要素”的治水思路，注重统筹上下游、左右岸、地上地下、城市乡村、工程措施与非工程措施，努力打造“水清、水净、水美”水生态环境，绘就一幅壮阔美丽的治水画卷。
为落实水生态环境保护网格化管理制度，我市积极开展重要生态保护区、水源涵养区等建设。同时，我市全面建立以党政首长负责制为核心的河（湖）长制工作机制、考核机制和奖惩机制，落实以保护水资源、防治水污染、改善水环境、修复水生态为主要任务的河道管理与保护责任，率先提出河长制、湖长制、断面长制“三长一体”同步实施机制，首创“一河长两助理”协调推进机制，创新实行“双总河长”领导机制，探索实践骨干河道综合治理与乡村河道管护“五位一体”深度融合机制等，全力打造河（湖）长制的“淮安模式”。
我市创新引入生态补偿理念，设立县区水质交界断面，实行生态补偿机制，并全面加强湿地保护，促进河流、湖泊生态系统的自然恢复，全面形成人水和谐、河湖健康的水生态保护体系。我市创成国家水生态文明城市，全面落实最严格水资源管理制度，强化“三条红线”管控，基本形成覆盖全市的水资源、水环境和水生态监测、评价、管理和服务体系。目前，全市主要河湖生物多样性和健康指数呈良好发展态势。